С 2016 года на предприятии реализуются проекты второго этапа программы модернизации, целью которых является рост ключевых показателей эффективности нефтепереработки. ОНПЗ выполняет реновацию существующих мощностей и строительство новых комплексов с применением современных экологичных технологий. После завершения программы модернизации глубина переработки нефти на ОНПЗ возрастет почти до 100%, предприятие войдет в число мировых лидеров по эффективности нефтепереработки.